Công Phượng tiếp tục được trao cơ hội ở đấu trường J-League Cup và thi đấu trong khoảng 19 phút. Sau hơn một năm xuất ngoại sang Yokohama FC, Công Phượng  bất ngờ được lựa chọn đá chính ngay từ đầu cho Yokohama trong chuyến làm khách trước Okayama ở vòng 1/32 J-League Cup ngày 24/4. Trận đấy này Công Phượng cũng đã thể hiện khá ổn, thi đấu năng nổ sau khoảng gần 70 phút có mặt trên sân. Yokohama FC thắng đối thủ trên chấm phạt đền.J-League Cup (cúp Quốc gia Nhật Bản) sẽ là đấu trường mà Công Phượng được ra sân nhiều hơn. Mới đây, cựu sao HAGL đã góp mặt trong danh sách thi đấu của Yokohama FC trước Nagoya Grampus. Trận đấu diễn ra vào lúc 17h00 theo giờ Việt Nam.

Theo HLV Shuhei Yomoda, J-League Cup là cơ hội cho những cầu thủ ít có cơ hội thi đấu thời gian qua. Ông từng chia sẻ rằng: "Tôi hy vọng họ tận dụng cơ hội để trở thành một phần của tập thể. Chúng tôi muốn phát triển cầu thủ trẻ, đồng thời nâng cao tiêu chuẩn cầu thủ dự bị".

Công Phượng gia nhập Yokohama từ đầu mùa giải 2023, nhưng đến nay mới thi đấu hai trận chính thức. Việc không có thời gian thi đấu ở Nhật Bản khiến Công Phượng ít được triệu tập lên ĐT Việt Nam. Lần gần nhất Công Phượng có mặt trong thành phần đội tuyển là vào tháng 3/2024 khi ĐT Việt Nam chuẩn bị có 2 trận đấu với ĐT Indonesia. Tuy nhiên, tiền đạo này lại gặp chấn thương đáng tiếc và không thể ra sân.